Finali, 20 Mayıs 2009 tarihinde İstanbul Şükrü Saraçoğlu Stadı’nda oynanacak olan UEFA Kupası’nın çeyrek final ilk maçları 9 Nisan’da, rövanşları ise 16 Nisan’da yapılacak. Yarı final ilk müsabakaları 30 Nisan’da, rövanşları ise 7 Mayıs’ta oynanacak.

Kupada eşleşmeler şöyle oluştu:

Çeyrek Final:

Hamburg-Manchester City
Paris Saint-Germain-Dinamo Kiev
Shaktar Donetsk-Marsilya
Werder Bremen-Udinese

Yarı Final:

Werder Bremen-Udinese galibi – Hamburg-Manchester City galibi
Paris Saint Germain-Dinamo Kiev galibi – Shaktar Donetsk-Marsilya galibi.